藏式佛塔的结构主要由三大部分组成，即塔基、塔身和塔刹。在三大部分中，各自又可细分为若干小结构部分。塔基是塔的基础部分，从佛教的角度来讲，称塔基为须弥座。以须弥为名，即指神、佛均居于宇宙中心之须弥山，同时也表示稳固之意；塔身是藏式佛塔的主体核心部分，也是重点装饰部位。其早期的形状与印度窣堵波相似，为覆钵体，经演化成为藏式佛塔后，塔身则为古瓶形，故称塔身为塔瓶。若为佛塔则塔瓶内以存放经卷、佛像、各种宝物等。若为灵骨塔，除装上述物品外，则主要放置活佛、高僧的肉身、骨灰或舍利等；第三部分为塔刹。塔刹主要由十三天极(螺旋形圆锥部分)和刹顶组成。十三天极代表修成正果所需的13个阶段；刹顶多由太阳和月亮形象组成，藏语称之为“尼达”，也有以金刚宝幢作为刹顶的佛塔。“这种结构旨在说明，世间万物均由五个元素组合而成，物质的四大元素(风、火、水、土)被最细微的元素——心所吸收。高僧大德的遗体保存于这样的灵塔之中，不仅体现了肉体复归四大元素的佛教思想，还象征着出生—生活—精神—死亡—出生这一生命轮回。”
