甘孜州林区是我国第二大林区西南林区的组成部分。树种资源方面，有裸子植物乔木树种6科17属49种，是亚高山针叶林的主要建群树种，且特有种丰富。如冷杉属四川有10种2变种，云杉属有10种3变种，而州内就有6种2变种，云杉属8种2变种，被植物学家们称为松杉植物的变异中心。松科中有：鳞皮冷松、岷江冷松、峨眉冷松、长苞冷松、急尖长苞冷松、川滇冷杉、黄果冷杉、云南紫果冷杉、川西云杉、黄果云杉、丽江云杉、康定云杉、林芝云杉、麦吊云杉、油麦吊云杉、粗枝云杉、鳞皮云杉、白皮云杉、铁杉、丽江铁杉、矩鳞铁杉、云南铁杉、云南油杉、红杉、大果红杉、日本落叶杉、云南杉、高山松、华山松、雪松等；杉科中有：杉木、灰叶杉、中国柳杉、异叶南洋杉、水杉等；柏科中有：干香柏、岷江柏、柏、侧柏、垂枝香柏、大果圆柏、方枝柏、塔枝园柏、密枝园柏、刺柏等。此外，三尖杉、红豆杉亦有分布。
林业资源中，州内还有被子植物乔木树种樟科、桦木科、漆树科、杨柳科、壳斗科等19科，油樟、康定杨、红桦、川泡桐等60种。还有珍稀濒危保护植物包括水杉、栌菊木、白皮云杉等44种。
州内林果资源丰富，水果、干果及其他经济林木均有广泛分布和栽培。果树有苹果、 梨、柑橘、桃、李、樱桃、杏、梅、柿、枇杷、葡萄、石榴、枣子、无花果、核桃、板栗等20余种。经济林木有花椒、茶、桑、油桐、漆树、白蜡、杜仲、厚朴、盐肤木、油茶和棕榈等10余种。还有丰富的野生资源，如沙棘、海棠、山定子、野樱桃、猕猴桃、野葡萄、毛桃、榛子、仙桃、山核桃等。巴塘、丹巴、乡城苹果，泸定香桃、沙湾梨，九龙花椒等都享誉省内外。1986年州水果鉴评会上，乡城金冠苹果被评为第一名，丹巴虹冠苹果获省第一名。1989年丹巴金冠苹果桩农业部评为全国“优质苹果”。
