12世纪时，由该派始祖裕摩不动金刚(裕莫·吉米多吉)创立。到衮邦·吐吉尊追(1243～1313年)时，受到拉堆绛领主的大力支持，修建觉囊寺，觉囊派的名声开始大振。衮邦之后第三任法台是有名的笃补巴·喜饶坚赞（1290～1361年）。他以前继承过萨迦派的法统，31岁时往觉囊寺，得到云丹加措的各种灌顶教授，深生敬信，于是改变宗派学习觉囊派教法，受到云丹加措（1260～1327年，吐吉尊追的弟子）的委托住持觉囊寺。他本人亲修《六支瑜伽》，获得证验，对他空见更为敬信，著有《山法—了义海论》、《第四结集论》等，阐发他空要义，使觉囊派的名声大振于卫藏各地，出现了创宗以来的第一次兴盛局面。在觉囊派开山祖师究竟为谁的问题上一向有争论，有的人以衮邦·吐吉尊追为初祖，理由是他创建了根本道场觉囊寺；但更多的人则尊笃补巴为开派祖师，理由是他系统地建立了代表觉囊派根本教义“中观他空见”的理论体系，并传播觉囊派中他空见思想之先河，被尊称为法王觉囊巴。
