萨迦派第五祖是八思巴（1235——1280年）。八思巴本名叫洛哲坚赞。他是萨迦班智达的弟弟索南坚赞的儿子，因而萨迦班智达是他的伯父。八思巴从小聪慧好学，八岁时能向人们讲经，加上伯父萨迦班班智达的良好教育，后来除了在政治上成为一名显赫的人物外，也是一位精通各种宗教知识的高僧。正如《西藏王臣记》记载：“幼而颖悟，长博闻思，学富五明，淹贯三藏”。八思巴十岁左右就跟随伯父萨迦班智达赴凉州与蒙古汗王谈判，幼年时期就开始接触政治，为以后的政治生涯打下了基础。八思巴十七岁时，被临终的萨迦班智达任命为自己的法位继承人，即萨迦寺主持和萨迦派教主，萨迦班智达去世后，八思巴开始担任萨迦寺主持和萨迦派教主职位，成为萨迦派第五祖。1253年，八思巴应召谒见忽必烈薛禅汗，当时忽必烈夫妇及其子女拜见八思巴，先后在八思巴前受密宗灌顶。忽必烈向八思巴奉献财宝作为灌顶的供养。1255年，八思巴回藏从康区迎请那塘堪钦札巴僧格受比丘戒，完成佛教出家僧人生活中最庄严的仪式。不久，八思巴又返回上都。当时蒙古汗王对佛教、道教等不同派别的宗教，还能够比较公平地对待。所以，佛教与道教之间常发生辩论事件。为了解决此事蒙哥汗王命忽必烈主持并判定两派优劣，1258年在上都的宫殿隆重举行了佛道辩论会，两派各参加十七人，佛教方以时年二十三岁的八思巴为首组成。其辩论以道教一方承认自己辩论失败而告终，十七名道士削发为僧，少许道观也随之改造成佛教寺院。1260年，忽必烈继任蒙古汗位，立即封八思巴为国师，赐玉印。1264年，忽必烈迁都大都（今北京），在中央政权内设置总制院，掌管全国佛教和藏族地区事务，又命八思巴以国师的身份兼管总制院事。1265年，八思巴返回西藏，对萨迦寺进行了修缮，如新造佛像、灵塔，以及用金汁书写大量大藏经中的甘珠尔部。同时分别拜克什米尔班智达希达塔噶大巴札、罗沃译师喜饶仁钦、纳塘堪钦青南喀札第二十多位大师为师，研习修教因明学、显宗理论和密宗修持等佛教教理仪轨，以及藏族传统文化五明学等知识。八思巴此次回藏居留三年，其间还奉忽必烈之命创制“蒙古新字”，又称八思巴蒙文。忽必烈于1268年下诏，凡是诏书及各地方公文等均必须使用蒙古新字，试图在全国范围内推行这种新文字。1270年，八思巴第二次向忽必烈授予密宗灌顶，忽必烈晋升八思巴为帝师，并更赐玉印。封号全称为“普天之下，大地之上，西天佛子，化身佛陀，创制文字，护持国政，精通五明班智达八思巴帝师”，又称帝师大宝法王，简称帝师。1276年，八思巴从大都抵达萨迦寺，此次八思巴返藏，由太子真金护送，在途中专为真金著述并讲授了《彰所知论》，此经有汉译本，收录在大藏经中。1277年，八思巴在后藏的曲弥仁摩地方（纳塘寺附近），举行聚集七万僧众的盛大法会，史称“曲弥法会”。1280年，八思巴在萨迦寺拉康拉章英年早逝，享年46岁。八思巴在萨迦寺圆寂后，忽必烈又赐封号为“皇天之下一人之上开教宣文辅治大圣至德普觉真智佑国如意大宝法王西天佛子大元帝师”。1320年，元仁宗下诏，在全国各路建造八思巴帝师殿，以此永远纪念这位功臣。八思巴去世后，元朝中央的帝师制没有改变，帝师职位一直由萨迦派高僧继任而延续。如八思巴后由其弟仁钦坚赞担任帝师，之后，由八思巴的侄子达玛帕拉热噶斯塔任帝师，其后帝师由益西仁钦担任，总共产生十几位帝师，随着元朝的灭亡而终止帝师制。
