争鸣时期 (14 世纪中叶—17 世纪中叶 ) 公元 1354 年 山南帕竹地区的降曲坚赞建立的帕竹地方政权取代萨迦王朝后 , 西藏社会由奴隶制进入封建农奴制 , 这一时期宗喀巴改革宗教创立的黄教在全藏的传播 , 帮助了帕竹封 建统治地位的巩固 , 客观上促进了藏族经济文化的繁荣。 因此 , 在 15 世纪中期 , 藏医学中出现了许多不同学派的争鸣局面。

    这些学派中强巴学派和苏喀巴学派影响最大。强巴学派主要活动于拉萨西北高寒干燥地区 , 结合该地区环境气候及生活习俗总结出一套治疗寒证的经验 , 形式了自己特色 , 故又称为北派。代表人物是强巴· 南杰扎桑。苏喀巴学派主要活动于拉萨东南地区 , 结合该地湿温环境气候及生活习俗擅长用凉药治疗热证 , 也形成有自己特色 , 故又称南派。代表人物是苏喀·年姆尼 多杰。两派在藏医基础理论等重大问题上观点是一致的 , 但只是在对药物的认识 , 用药遣方、剂量及治疗方法等方面各有自己的经验。如北派对许多药物品种有别于南派的认识 , 善于用温热药物 , 擅长艾灸 , 组方药味较多 , 而南派擅长应用清凉性药物 , 组方药味一般较少 , 年姆尼多杰的《药味论·铁重》等书系统阐述了该派的药物认识和用药特点。北派注意形象教学 , 绘制出了许多藏医挂图 , 其中叫杜孜吉美的精心绘制出药物、人体解剖挂图 , 为后世藏医唐卡的绘制打下了基础。南派对《四部医典》 的研究成果多于北派 , 其中苏喀·洛哲杰布寻找到《四部医典》的原本并刻版印刷行世 , 称为《扎塘版四部医典》 , 通过对 《四部医典》深入研究 , 著有《祖先口述》的第一二 部 , 代表了苏喀派的见解 , 为国内外藏医界所重视。他的 《缪见纠正》一书否定了强巴派《四部医典》是佛祖教诫的观点 , 正确提出《四部医典》是藏族本民族医学家的著作的观点 , 影响十分广泛。南北学派长期争鸣 , 促进了藏医学术的繁荣和发展 ( 见强巴学派和苏喀学派条 ) 。

    另外这一时期北派学术中还出现有隆敦派和贡曼巴派传承 ( 见 隆敦巴医学传承条和贡曼巴医学传承条 ), 南派学术中出 现了直贡巴传承 ( 见直贡巴医学传承条 ), 都为藏医的发展作出了积极贡献。