活佛转世的程序,刚开始时比较简单,后来越来越复杂,特别是大活佛的转世,不仅手续繁多,还具有不为一般人所知晓的神秘色彩。活佛的地位和等级随所在寺庙的规模和影响之大小而各不相同,其经济政治地位也有所不同,转世的程序也有差异,但主要的程序还是基本相同。即首先以活佛生前的预示(ལུང་བསྟན)和遗嘱提供线索;其次通过占卜、降神、观湖等方式确定其下一个活佛出生的方向,并沿着这一方向前往寻访灵童;然后对寻访到的幼童进行了解、观察,如同时寻访到若干个幼童,就要进行严格地筛选,最后确定其转世灵童,迎回寺庙,举行坐床,广为宣布。
各寺院相沿的确认活佛转世的方法还有如下: