苯教是从藏区固有的原始宗教中发展起来的，因而它与康区民间广泛流传的一种“土生土长”的、古老的原始宗教信仰也有着密切的关系。
从信仰内容来看，这种原始宗教同苯教一样崇拜自然万物、崇拜祖先、崇拜灵魂。
在康区，被民间视为神山、神水、圣湖的山峰、河流、湖泊比比皆是，随处可见，每个县、每个乡、甚至每个村都有自己的神山、神水、圣湖。如位于康东地区的贡嘎山，位于大小金川地区的墨尔多山，康定的雅拉雪山，理塘的夏迦曲波，德格的玉隆雪山，甘孜的奶龙山和卓达拉山，道孚的打日，色达的珠日山，康定的五色海、木格错，九龙的五须海、德格的新路海等等。这些神山、神水、圣湖，要么是神居住的地方，要么就是神的化身，他们主宰着人世间的生产、生活、生老病死。人们对它只有顶礼膜拜，才能得到神的保护；如有不敬，必将遭到神的惩罚。除了对山、水的崇拜外，原始宗教对天、地、树木、火、动物、祖先、英雄、灵魂的崇拜和信仰也十分重视。
在神、人的沟通与交流方式上，苯教也与原始宗教有许多相近之处。
在苯教中来往于神人之间、负责神人交流的是苯教僧人；在原始宗教里也有这样一种特殊人才，称着“巫师”。巫师通过使用巫术来往于神人之间，为人请神祈褔、消灾、驱鬼、占卜、诅咒等等。巫师的这种功能与苯教僧人是基本一致的，现在的一些巫师在行巫时还引进了一些藏传佛教宁玛派和苯教的经典。
就以上内容来看，苯教与康区固有的原始宗教并没有太大的区别。这也就是有的学者提出苯教起源于四川藏区的原始宗教信仰，甚至把这些原始宗教信仰归入苯教范畴的一个重要原因。
由于苯教和康区的现在流传的原始宗教，都是从古代藏区固有的原始宗教信仰中发展起来的，因而他们有着许多相近之处。但苯教作为人为宗教，它与原始宗教的区别依然明显。比如：
在祭祀方面，原始宗教比苯教更原始、更经济、更实用。如对于神山、神水、圣湖的祭祀和供奉方式：在神山上、神水、圣湖旁挂用布印制的“弄达”，或是散放用纸印制的“弄达”；堆置“麻呢经堆”或修筑“拉则”；在民间约定俗成的祭祀日转山、游湖、“煨桑”（放烟烟）、贡奉各种食物，在有的牧区还保存有对山神的血祭仪式；在神山、神水、圣湖中放生家畜或野生动物；在房顶或房门框上方堆放白石头，以此象征山神供奉；每当经过神山、神水、圣湖时，不断地念诵祝福经文。康区民间对祖先的祭祀方式也很特别。一般每个家庭都将房屋中柱或“锅庄”（火塘）的上方视为自己祖先的化身，每当庄稼出苗时便从地里拔回最壮的青苗挂于柱上，秋收时则将最饱满的青稞、麦穗等果实挂在柱上，以示贡奉。每蓬过年过节围着柱子跳锅庄；家里添人进口，要向柱子顶礼。锅庄的上方严禁他人通过。吃饭前要先在锅庄上方放上一些食物，以示对祖先的敬奉。
原始宗教中的巫师与苯教僧人也有很大区别。这主要表现在，巫师一般通过世袭或师承方式进行传承。巫师没有固定的宗教活动场所（寺庙），也不脱离生产劳动，他们过着完全世俗的生活，只有在人们邀请他们祈褔、消灾、驱鬼、占卜、诅咒时，他们不同于凡人的特征才会表现出来。由于各地的文化传统不相同，对巫师的称谓各不相同，巫师的巫术活动也不尽相同。在康南巴塘、得荣一带，称这种巫师为“苯更”；在甘孜一带称着“阿尼”；在九龙、以及康定的营官和沙德一带称其为“阿乌公巴”；在丹巴称这为“更巴”；在康定鱼通一带称其为“公嘛”；在道孚一带称其为“奥外”……
由此看来，康区的现行苯教既不同于早期的原始苯教,也不是藏传佛教,而是两者的融合体。
