释迦如来的一代正法，不外教证两种，而一切教的正法，又摄在三藏，一切证的正法，摄在三学。因此，三藏未可偏废，三学亦须全修。当时西藏有些佛教徒，颇不注重广学，甚至讥诽三藏多闻者为分别师或戏论者，而妄计以修学一种简略的法门，便能够得到解脱。也有只学一部经论，就自矜为已经从事闻思了。不知求解脱的人，也须精研三藏，多闻深思，立正知见，长期修习，才能由三学道得到解脱和一切智。不知闻思不广，则修学难得圆满，那又怎能得到大圆满觉的佛果?格鲁派就是力主对于经藏，多闻深思，在大小乘的三学上，认真修习。并力主于律藏的努力闻思，以成办戒定二学。对法藏（即论藏）的闻思修习也不放松，这是得生如实通达诸法性相的智慧后，成办慧学。尤其是对于大乘三藏中所说的“菩提心”和“六度行”，以及极细“无我”等无边理趣，都力主为从闻思修，入境行果的中心纲要。因此，格鲁派的教义，极为殊胜，极为圆满。
古德常说：正法是否清净，即在见、修、行三种离垢与否而定；见、修、行三种离垢与否，又依它们本身是否能够随顺解脱为尺度。格鲁派的见、修、行三种，是有它很多的优点，现在略举于后。
1、正见的真义
西藏古代学者；有执“性空”为“毕竟无”，否定善恶业果等法，认为它的自性本来空故。这是把恶劣断见执为正见，与外道的见解相同，极不应理。缘古印度异学中有顺世外道的分别论者和等入论者，前者承认百世以内有业果等，但是不承认有解脱；后者则否定业果和解脱。西藏的性空毕竟无的论师们，执业果是完全没有，又承认有解脱道可修者，于内学外学，均属无据。
又有一些学者，执空性为实有。他们说世俗法空，是究竟实际。此亦非理，如中论说：“若于空起执，斯人无可救。”龙树认为有这种思想的人是绝对“常执”，是不可救疗者。按龙树菩萨是佛在楞伽经中授记他为演说了义的标准士夫，因此，大乘佛教学者对于修习正见，当以龙树所说为准绳。
另有些学者说：若计为有，即是取相的执着，因为一切法，既非是有，也不是无。他们主张在修见的时候，全不作意有我无我，是空非空，以“不作意”，为修真性，并以“不见”为见。这种说法，亦不合理。由于有与无，常及无常，一和异等，彼此极端相违矛盾的现象，都是一事物上的表遮两门，印度大德们，曾以很多理论来成立它。并且心中若存一个“不作意”之念，即此已成作意。又即“不见”，已成见与不见两种。因此，他们的说法，仅是自相矛盾之语而已。
又有一类自称修静虑者说：凡有分别计度的善行，都未离却散乱，所以主张只应专修实际之理。并说修实际之理，也不应依着正理去观察，只要在不寻伺中，勿追过去，不迎未来，于现在心不起造作，唯在明空无执之中，弃舍一切分别造作，全不作意，平缓而住其心，即得亲见法身。这种说法，亦不应理。如果全不作意，平缓而住，即能得到佛的一切智时；那末，就是从异因而生异果，则一切非因，皆当生一切果了。
法王宗喀巴大师对于西藏古德教学的各种异见，就是运用他的智辩，在菩提道次第、中论释、入中论释等著作中一一加以批判抉择，不能详叙。
宗喀巴大师思想体系，是继承了佛陀所授记的圣龙树师徒之旨，理论基础在于了知生死涅槃，一切诸法，都由名及分别之所安立。在胜义中，虽不可得；在世俗中，都能成立。他的缘起论的中心是这样说：由于一切法自性本空，故业果等缘起之法才能生起；设若自性不空，就不能生起业果等作用。又即由于了知缘起之力，才能了知自性本空，因为业果等法待众缘才能生起故；那末，它的自性就是空的了。这样，就从理解上也可以见到自性空与缘起有，不仅不相违，并且相互成立。就它的理论方式上，也可结归于：由于自性空，才能缘起有；因是缘起有，所以自性空。显然，此中缘起有与自性有的义理有着它的不同，自性空与毕竟无的义理也有所区别。更显而易见地指出：自性有与毕竟无的说法，是错谬的，应当遣除；缘起有与自性空的义理，是正确的，应当修习。欲得中观正见，对于这些词句的定义与内容，首先要通过正确理解。
法王宗喀巴大师依文殊菩萨的教授，对于龙树的中观正见，如实通达，并且著书广为阐明，在西藏古代大德中，实属罕有。大师上首弟子嘉曹杰称之为：“能断三有根本道，缘起离边之中见，未遇至尊师以前，一分亦未能通达。”次之，西藏古代学者在宗喀巴大师出世之前，对于唯识宗所说色的体相和遍计，以及安立遍计为无自性的法无我义，也难如实说明。克主杰在释唯识宗的教义时说：“诸未能显示，甚深处密意，今开宝藏已，由此生欢悦。”从这里可以看出大师对中观与唯识教义上所发生的深刻影响。
有人（土官宗派论中说）问：像麻巴、弥拉热巴、萨迦本清、仁达瓦等诸位古代大德，也没有通达中见吗？事实是这样：如弥拉热巴等各位大师，虽然不能说他们未证中见，但是可以说像法王宗喀巴大师对于中观深义，先从无垢教理广为抉择，并造大论，如实解释龙树师资教义者，他们未曾下过这种工夫。大师在发愿文中指出：“由畏甚深真实义，妄执臆造少分空，愿断彼等邪谬见，通达诸法本来空。”说明了他们那些所证的空，仅是臆造和少分空而已；诸法本来空，应当从色法起，至一切智等所有一切法上，皆无自性的空性。只有通达这个空性的见，才为佛的究竟了义，最极圆满，甚深中见。这就是格鲁派正见的真义。
2、修习的优点
西藏佛教中古代修静虑者对于修习的方法，颇有多种的说法：有说一切分别应断。有说分别是法身现相，分别愈多，修证愈广。有说分别是大无明。有说分别即是法身。有说意未散动，明了安住时，即是佛陀，或名涅槃；若略散动，即是众生，或名输回。有说于暗室中，结跏趺坐，瞪目而视，心不作意，安住之时，所现烟等各种幻相，都是法身和自性身，并说凡夫异生，也能现见法身。有说以上诸说，虽非法身，但是速见法身的前相。有说这些唯是乱心所现迷乱之相，毫无益处。种种谬论，举不胜举。
对于上述这些误解修习的体相的谬论，大师一一给以驳斥。例如说一切分别应断，则通达空性的理智比量，也应断除，是分别故。可是正观诸法，若先没有通达空性的理智比量，也就不能生起现证空性的现量，那末，瑜伽现量，就没有了，而实不然。所以说一切分别应断非理。反之，计执分别即是法身，那末，我们所证，应比佛高，分别多故，所以这一说亦不合理。其余各说，亦是枉设劬劳，全无成果。
又有以为在修习静虑时，只应止住修，遂把修见时所起如理观察，也认为是过失；此种唯以“住分”为主之说，实在是通达实际真理之障。甚至误解“心高举者，亦令低下”之语，用在善策励者，亦令放松；因此，对于积聚细沉，甚至以陷于惛沉状态境界，误为善修。至于真正奢摩他体和毗钵舍那之体，各各成就之量，以及止观双运之分齐等名，亦不了知。还有把定心不明利的细沉当作修定的好现象。因此，对真正修定之法，很难得到实益。
三界法王宗喀巴大师如理破斥唯止修论的谬见后，指出应依印度大德迦玛拉希拉（莲华戒）大师着的修习次第等书中所说的于应观察修者即观察修，应止住修者即止住修，止观二种须轮次修者即轮次修的修定方法。又指出应依慈氏五论和瑜伽师地论，以及修中观次第论等书中广释经的密意，而得到真正修三摩地的教授。如最初备办止观的资粮和认识所缘的差别，观察修和止住修的分析，以及由具九住心和八断行，如理修习而得止观随顺之量。再于真正止观，最初各别成办之量和它的次第，后于真正止观双运三摩地圆满具足之量，以及初中后对于这些生起领纳的方法和身心上生起之相，认识沉、惛二者的差别，散、掉二者的差别，并用如何对治而遣除之。并指出怎样认识念和正知及其差别，何时依止正知正念。对初修习者新修定时，说明仅有住分是不够的，必须具有明利等义，都是依据龙树无着等菩萨的诸论意旨，作出了正确的抉择。各种修定的方法和发定的各种现象，都详载《菩提道次第》中。
3、格鲁派行持的殊胜
西藏学者有谓经中所说断酒和不非时食等戒，是为信解小乘者说，大乘人和已见真性者则无须此束缚之法。因此，不仅对于出家者所应保持的行持弃而不顾，并且任意脱卸三衣，破坏清净律仪，致使佛教徒具形式。法王 宗喀巴大师见此现象，心极悲愍，因念佛教基础，本是增上戒学，对于断酒和不非时食，以及授食等微小戒法非常重视，他是以身作则一一依律而行。他在入密乘时，也依密经中说的“外护声闻行，内悦集密义”而安住律仪之中，修习二种次第瑜伽等清净行持。此外，大师更于菩萨律仪和金刚乘律仪中所说一切遮制分齐，亦勤守护，如眼中珠。
西藏大德打仓巴初对于法王宗喀巴大师的著述不甚满意，曾设十八个问难，后因见到大师的清净行持，生起信敬，并作偈赞扬说：“有持律者谤密乘，诸密乘师亦诽律，了达佛语不相违，善修持者（指宗喀巴大师）前敬礼。”“学显讥密为食法（意谓耽着饮食之法门），持密毁显是空谈，显密不全难成佛，善了知者（也是指大师）前敬礼。”第五世达赖善慧海大师亦说：“具足希有清净戒，勤修广大菩萨行，密习殊胜二次第，愿遇善慧胜者教。”格鲁派中真修实证之士，不胜枚举，他们的懿德美行，都能保持了 宗喀巴大师的作风。
4、格鲁派密乘的殊胜
在密部的数量和灌顶、三昧耶戒、近修，以及曼陀罗的事业、次第等方面，宗喀巴大师都依据密经和印度大德的释论，阐发入微，使后来修密宗者，得到殊胜教授。西藏古代有些学密者对于密乘根本经中所说二次第的纲要，当如印度得大成就者一样，依据释经，显示本经之义不甚了解。他们妄认为密经相续和大成就者的论典，只是供博学多闻增长知识的工具，于是竟视若无睹；反而对于一束小纸上所写的修行口诀，认为是最上教授，并说它比诸大经论更为殊胜。对那些口诀教授如果发现到与密经和印度大论典相违，他们也仍认为它是殊胜教授。这种妄计，是由对于广大正法，既缺闻思，亦未修习；对圆满道体，仅于一种教授，听闻修习；对于支分不全，少许暖相，认为已得定解和高上修证；甚至有些人对于经论中所说要义，谬解倒行。
宗喀巴大师对于四部密宗，一切道次，不但以历代相承的教授作为依据，并且汇通本经释经等密经，以及大成就者的标准论典，对于道的体相和数量、次第、以及如理修持而生证德的方法，断过、除障和修行证果的方法等都能如理抉择。以了知一切经论，皆是修行证果的教授者，即为格鲁派的极殊胜处。
5、格鲁派兼具各派教义之胜
西藏向来相传的上传戒律和下传戒律等所有戒律传承、讲说、以及一切行法；从阿底峡尊者等迦当派大德所传的菩提道次第和菩提心教授等，峨洛札瓦师徒等所传俱舍、现观庄严、中论、因明等大论讲传，麻巴和廓洛札瓦等所传集密；惹、卓、雄等所传时轮；萨迦本积达师资所传胜乐和喜金刚；玛玑喇嘛等所传大轮金刚手；惹、觉、当等三位大德所传红黑怖畏等四部曼陀罗灌顶和密经讲传、以及生圆二次第等一切甚深教授；并迦举派中法义心要的乐空大手印、那若六法、尼古六法等，以上藏地所有甚深教授，在格鲁派中无不兼具并包各派的胜义。
格鲁派还具备五明学处，若声明、因明、医方明、工巧明，以及文法、算术等世间艺术，亦甚丰富。因此，格鲁派的正法宝藏，是把从上释尊的正法雪山所流出显密深广一切教授河流，而复使之汇合为一的广大法海。
